eDNA metabarcoding betreft het identificeren van meerdere soorten tegelijk uit een environmental DNA monster. De resultaten waren bemoedigend. In stilstaande wateren werden evenveel of meer vissoorten gedetecteerd met eDNA dan in de gelijktijdige KRW-bemonsteringen met traditionele vangtuigen. Ook leek er een verband tussen de gevangen aantallen per vissoort en de hoeveelheid eDNA: van soorten die het meest gevangen werden werd veelal ook het meeste eDNA gevonden. In stromende wateren vielen de resultaten tegen. De oorzaak daarvan lag in de toegepaste monstermethode en conservering van de monsters.

Gezien de bemoedigende resultaten van de eerste pilotstudie is er in 2015, samen met STOWA en elf waterschappen, een vervolgstudie uitgevoerd waarin de methode op een veel groter aantal locaties en verschillende watertypen getest is. Dit rapport gaat in op de resultaten van deze vervolgstudie.