Uiteindelijk bleek dat slechts een beperkt aantal factoren werkelijk bepalend zijn voor het welzijn van aquatische levensgemeenschappen. Het project is erin geslaagd de voor de ecologie belangrijke sturende factoren of groepen daarvan te benoemen en veelal ook een relatieve weging mee te geven. Het project is er niet altijd in geslaagd deze factoren ook wetenschappelijk te onderbouwen. Dit verdient aandacht in een vervolg.

Veel beheer- en herstelmaatregelen grijpen direct, maar vaak ook indirect in op de sturende factoren. Kennis van de relatie tussen beheeropties en deze factoren is van groot belang om in het waterbeheer de juiste maatregelen te kunnen definiëren. En, uiteraard, om de maatregelen die niet effectief zijn achterwege te laten. Dit bevordert de doelmatigheid in het waterbeheer.

Veel van de in dit rapport beschreven (technische) kennis is doorgestroomd, of zal doorstomen naar praktisch toepasbare instrumenten en kennisregels die, ook in STOWA-kader, ontwikkeld worden. Hiertoe behoren o.a. de sets van ecologische sleutelfactoren voor stilstaande en stromende wateren.