Het nieuwe systeem richt zich op het in beeld brengen van de ecologische kwaliteit in combinatie met de fysische en chemische eigenschappen van de brakke binnenwateren.

Met behulp van dit systeem kunnen waterkwaliteitsbeheerders de kwaliteit van de brakke wateren vaststellen en krijgen bestuurders handreikingen voor beheer en beleid.Bij de ontwikkeling van het systeem is rekening gehouden met de communiceerbaarheid naar deze doelgroepen en de uiteindelijke beoordeling is gericht op aangrijpingspunten voor maatregelen. De opzet van het systeem volgt zoveel mogelijk de structuur van de bestaande STOWA-beoordelingssystemen en sluit aan op de vereisten van de Europese Kaderrichtlijn Water en de Regionale Watersysteem Rapportages (RWSR).

Na analyse van de literatuurgegevens en veldgegevens die door de waterbeheerders op 384 locaties zijn verzameld, is een streefbeeld opgesteld, met karakteristieken voor het zoutgehalte en defluctuaties daarvan (de belangrijkste milieufactoren voor brak-waterorganismen), de concentraties aan voedingsstoffen, de zuurstofhuishouding, inrichting en beheer en de natuurwaarden.Vervolgens zijn maatstaven geformuleerd waarmee het niveau van de ecologische kwaliteit kan worden vastgesteld.