Het project Brakke Wateren heeft onder meer nieuwe drempelwaarden opgeleverd voor maximale nutriëntenconcentraties in brakke wateren. Deze zijn gedifferentieerd naar de uiteenlopende typen brakke wateren: hoger voor sloten, lager voor meren. Ook heeft het geleid tot meer inzicht in het effect van zoutfluctuaties op macrofauna in brakke wateren en in het effect van het verloop van zoutgehalten in de tijd op de aanwezige flora.

Met behulp van een zogenoemd Bayesian Belief Network hebben de onderzoekers de kans berekend op het voorkomen van bepaalde brakwater-ecosysteemtoestanden. Dat gebeurt door het netwerk te voeden met abiotische gegevens (chloridegehalten, fosfaatgehalten, doorzicht, etc.) en met gevonden relaties tussen deze abiotische omstandigheden en de biotiek: de flora en fauna. Voor waterplanten is dit gelukt, maar tot dusver hebben de onderzoekers onvoldoende gegevens om dit ook te realiseren voor macrofauna en vissen.

Brakwaterbeheerders kunnen met de opgedane kennis en inzichten beter voorspellen welke vegetatie zich op basis van de abiotische omstandigheden gaat ontwikkelen in brakke wateren, en wat de ecologische kwaliteit van deze vegetatie is (uitgedrukt als de EKR-score volgens de KRW-maatlat voor waterplanten). Dit geeft aanknopingspunten voor het nemen van specifieke maatregelen.