Het gaat om vijf toepassingsgebieden: beoordeling van waterlichamen (score op maatlatten), diagnose van de oorzaken voor het niet-behalen van een ecologisch doel, identificatie van relevante stuurvariabelen, identificatie (vertaling) van mogelijke maatregelen voor verbetering en voorspelling van de effecten van maatregelen. Er worden vier schaalniveaus onderscheiden: habitat, ecotoop, waterlichaam en stroomgebied.