De quaggamossel heeft een hoge filtratiecapaciteit, wat de concentraties fytoplankton en ander zwevend materiaal snel doet afnemen. Hierdoor neemt het doorzicht enorm toe, terwijl nutriëntengehalten hoog blijven. Het doorzicht zorgt voor meer waterplanten. De mosselbanken en watervegetatie vormen samen een habitat die geschikt is voor meer en meer diverse macrofauna. Het leidt ook tot een andere vissoortensamentstelling, met meer plantminnende soorten. Het is belangrijk te weten wat de effecten zijn van de uitheemse quaggamossel op het ‘inheemse’ aquatisch ecosysteem, en of de soort daarmee wel of juist niet bijdraagt aan de ecologische waterkwaliteit.